In Nederland werken International Federation of Medical Students’ Associations (IFMSA) en EMSA samen en vormen zij International Federation of Medical Students’ Associations-The Netherlands (IFMSA-NL). EMSA is binnen IFMSA-NL een volwaardige werkgroep met dezelfde rechten en plichten als de andere werkgroepen en wordt werkgroep Europese Integratie en Educatie genoemd. EMSA heeft als doel de integratie tussen medische studenten in Europa te bevorderen en te stimuleren. Dit wil EMSA bereiken door de organisatie van projecten en evenementen. Dit geeft studenten in Europa de kans om elkaar te ontmoeten en samen te werken, op deze manier kunnen hedendaagse zaken met elkaar bediscussieerd worden en van elkaar geleerd worden. In Nijmegen organiseert deze werkgroep ieder jaar het Teddy Bear Hostpital en een uitwisselingsprogramma tussen Europese medisch studenten, het zogenaamde Twinning Project.