IFMSA is een organisatie die zich vanuit vele invalshoeken met internationale gezondheidszorg bezig houdt. De organisatie is daarom onderverdeeld in verschillende werkgroepen die ieder hun eigen projecten organiseren en die elk hun eigen doelstellingen hebben. IFMSA-Nijmegen telt zeven verschillende werkgroepen:

De werkgroep Klinische stages
De leden van deze werkgroep houden zich bezig met het organiseren van klinische stages. Zij regelen stagecontracten voor Nijmeegse studenten die een klinische stage in het buitenland willen lopen, maar ook ontvangen zij ieder jaar buitenlandse studenten die in Nijmegen een klinische stage komen lopen. Zij zorgen onder andere voor een stageafdeling, een slaapplek en een sociaal programma. Deze werkgroep werkt nauw samen met de werkgroep onderzoeksstages.

De werkgroep Onderzoeksstages
De leden van deze werkgroep houden zich bezig met het organiseren van onderzoeksstages. Zij regelen stagecontracten voor Nijmeegse studenten die een onderzoeksstage in het buitenland willen lopen, maar ook ontvangen zij ieder jaar buitenlandse studenten die in Nijmegen een onderzoeksstage komen lopen. Zij zorgen onder andere voor een stageafdeling, een slaapplek en een sociaal programma. Deze werkgroep werkt nauw samen met de werkgroep klinische stages.

De werkgroep Public Health
Het is niet voor niets dat deze werkgroep de enige is die haar engelstalige naam draagt. Iedere vertaling van Public Health is of te lang of onvolledig en vaak beiden. De werkgroep tracht de volksgezondheid, in breedste zin van het woord, zowel nationaal als internationaal te verbeteren door zich bezig te houden met: voorlichting, educatie, benefietactiviteiten en ontwikkelingshulp.
Deze werkgroep organiseert vanuit Nijmegen voornamelijk ontwikkelingsstages.

De werkgroep Vluchtelingen en mensenrechten
Deze werkgroep focust met haar projecten op de relatie van geneeskunde met de thema's mensenrechten, vluchtelingen, conflictpreventie en vredesvraagstukken. Dit door middel van lezingen, awareness-campagnes, cursussen etc.
In de Nederlandse medische curricula wordt weinig tot geen aandacht aan deze onderwerpen besteed, terwijl veel artsen met bepaalde onderwerpen wel degelijk in aanraking komen. De werkgroep vluchtelingen en mensenrechten organiseert daarom activiteiten om de medische student bewust te maken en te betrekken in het zoeken naar oplossingen voor deze problematiek. Onderwerpen lopen uiteen van kernwapens tot vrouwenbesnijdenis, van humanitair oorlogsrecht tot medisch handelen bij marteltraums’s. Er is binnen deze werkgroep veel ruimte om je eigen ideeen uit te werken.

De werkgroep Seksuele gezondheid en AIDS
De belangrijkste doelen van deze werkgroep zijn het stimuleren van gezond seksueel en reproductief gedrag en preventie van HIV, SOA en ongewenste zwangerschappen door een goed gebruik van anticonceptiemiddelen. Deze werkgroep brengt deze problematiek onder andere onder de aandacht door middel van voorlichting op middelbare scholen en ludieke acties tijden Wereld AIDSdag en Internationale Vrouwendag.

De werkgroep Medisch onderwijs
Deze werkgroep zet zich in om het internationaal perspectief in medisch onderwijs in Nederland te bevorderen. Zij doet dit door zich te richten op Global Health Educatie, Mobiliteit van Medische Studenten, en Kwaliteit van Medisch Onderwijs. Deze werkgroep organiseert verschillende keuzecursussen, een jaarlijks congres, en lobbyt voor meer global health in het kerncurriculum. Hierbij kan worden gedacht aan onderwerpen zoals: infectieziekten, armoede, seksuele gezondheid, mensenrechten en wereldwijde epidemieën.

De werkgroep Europese Integratie en educatie (EMSA)
EMSA heeft als doel de integratie tussen medische studenten in Europa te bevorderen en te stimuleren. Dit wil EMSA bereiken door de organisatie van projecten en evenementen. Dit geeft studenten in Europa de kans om elkaar te ontmoeten en samen te werken, op deze manier kunnen hedendaagse zaken met elkaar bediscussieerd worden en van elkaar geleerd worden.
In Nijmegen organiseert deze werkgroep ieder jaar het teddyberenziekenhuis, maar ook is deze werkgroep bezig met het opzetten van een uitwisselingsprogramma tussen Europese medisch studenten, het zogenaamde Twinning Project.